Es ist doch völlig egal ob Du 4 , 4, 5 oder 5mm dicke Schrauben nimmst und vorbohren musst halt so dick wie die Schrauben sind.
Beim Aufbau von Wand und Boden ist es auch völlig egal welche Stärken des Holzes Du nimmst. Am Schluss müssen halt Boden und Wand wieder plan sein.
Wenn also irgendwo 3 mm fehlen, dann mach entweder einen Streifen Sperrholz ( natürlich mit Kleber ) dazwischen oder nimm als Rahmenholz ein stärkeres.
Wennst die Verbindung Wand/Boden klebst gibt's keinen Spalt mehr.
Und niemals Siebdruckplatten verwenden !!!
Da hält kein Kleber dauerhaft dran und bringen tuts Dir auch nix. Neues Wasser läuft drum rum, sie ist schwer und teuer.
Und so wie Du es vorhast, bringst keine gscheite Verbindung zum restlichen Boden her.